Министър на околната среда и водите

След парламентарните избори през 2005 г. Чакъров е избран за народен представител от ДПС в 40-то Народно събрание от 2-и многомандатен избирателен район Бургас. До сформирането на коалиционното правителство с премиер Сергей Станишев е член на Временната комисия по околна среда и водите.
От 16 август 2005 г. до 29 юли 2009 година е министър на околната среда и водите в коалиционното правителство на Сергей Станишев.
По време на мандата на Чакъров МОСВ подготвя Оперативната програма “Околна среда”, която е одобрена от Европейската комисия през ноември 2007 година, след като на 1 януари същата година България става пълноправен член на ЕС. Тя стартира успешно още през март 2008 година.
По време на мандата на Чакъров МОСВ подготвя и предложенията за екологични зони, които да се включат в Европейската екологична мрежа НАТУРА 2000 в изпълнение на ангажиментите на страната към ЕС след пълноправното й членство. По време на обществените обсъждания възниква остро обществено напрежение сред бизнеса, граждани – земеделци и собственици на земи, и екологични организации, включително се организират и протести с блокиране на пътища на различни места в страната. От една страна граждани от области, развиващи морски и планински туризъм, както и представители на бизнеса протестират срещу включването на определени територии в НАТУРА 2000 поради опасения, че няма да могат да развиват бизнес. От друга страна екологични неправителствени организации протестират срещу невключването на определени територии, като изразяват съмнения, че това се случва под натиск на бизнес и икономически интереси. Лично министър Чакъров води поредица от обществени обсъждания с цел да се отговори на обществения интерес, представяйки принципите за определяне на зоните, които се базират единствено на научни аргументи за необходимостта от опазване на ценни биологични видове. Прави и поредица от срещи с кметове на общини. Поради изразени опасения от ограничения за развиване на бизнес в зоните от НАТУРА 2000 и от страна на политици от партиите НДСВ и БСП (две от партиите от управляващото мнозинство), Чакъров лично представя предложенията за зоните пред парламентарните групи. В крайна сметка той внася за одобрение в Министерския съвет предложения за зони за птиците и местообитанията, след одобрението на които НАТУРА 2000 в България обхваща 33,8 на сто от територията й при 18 процента среден процент в ЕС и страната се нарежда на второ място по обхват на мрежата в ЕС след Словения. Поради опасения на екологични неправителствени организации, че едно от емблематичните незастроени места по българското Черноморие – Иракли, може да се застрои до издаване на заповедите за зоните от НАТУРА 2000, Чакъров подписва две последователни заповеди, с които забранява всякакво строителство там.
Като министър Чакъров поставя на вниманието на правителството и на лидерите на партиите от управляващата коалиция въпроса за неоправдано ниското концесионно възнаграждение, определено в договора за концесия на едно от най-богатите находища на злато в България – в Челопеч. Чакъров пръв изразява позицията, че държавата е ощетена и не е защитен българският национален интерес. Като министър на екологията той не одобрява доклада за оценка за въздействие върху околната среда, с който концесионерът – канадската компания “Дънди прешъс металс” иска разширение на добива и производството. Компетентното относно концесионния договор Министерство на икономиката и енергетиката, подпомагано от работна група, включваща депутати от трите партии от управляващата коалиция, почва преговори с концесионера за увеличение на концесионното възнаграждение и в резултат през март 2008 година е постигнато споразумение за увеличение на концесионното възнаграждение близо 10 пъти и това е обявено лично от премиера Сергей Станишев.
Чакъров предприема и действия за изграждане на реална и ефективна система за разделно събиране и рециклиране на отпадъци в изпълнение на ангажиментите на България към ЕС. Той настоява фирмите за оползотворяване на различните видове отпадъци да направят поетапни инвестиции и да изградят реална система за разделно събиране и оползотворяване на отпадъците в страната, а не да отчитат цели единствено по фактури. През 2006 Чакъров отказва да подпише заповеди на голяма част от фирмите за оползотворяване на отпадъци от опаковки, че са изпълнили целите си за разделно събиране и оползотворяване на отпадъци от опаковки в резултат на което фирмите-членове на тези организации трябва да платят на държавата пълнен размер на дължимата от тях продуктова такса. В резултат над 800 компании, членове на съответните оползотворяващи организации подават жалби срещу заповедта на министъра.Чакъров инициира преговори с всички организации за оползотворяване на отпадъци от опаковки и в резултат през май 2006 година се стига до изработване на меморандум за постигане на националните цели за оползотворяване и рециклиране на отпадъци от опаковки за тригодишен период до края на 2008 година. Меморандумът е подписан от министъра на околната среда и водите Джевдет Чакъров и от представители на ръководствата на петте организации по оползотворяване на отпадъци от опаковки. В документа са записани техническите критерии, на които трябва да отговаря системата за разделно събиране на отпадъци от опаковки и необходимите инвестиционни и експлоатационни разходи за нейното изграждане и функциониране.Организациите поемат ангажимент до края на 2008 година в системи за разделно събиране на отпадъци от опаковки да бъдат обхванати 6 млн. жители. В меморандума е записано, че минималните необходими разходи за разгръщане на системите за разделно събиране на отпадъци от опаковки за периода до 31 декември 2007 година са в размер на 110 млн. лева и те ще бъдат осигурени от организациите по оползотворяване на отпадъци от опаковки.