В опозиция

След парламентарните избори през 2009 година Чакъров е избран за депутат от ДПС в 41-то Народно събрание от 2-ри многомандатен избирателен район Бургас. Става заместник-председател на парламентарната комисия по европейските въпроси и контрол на европейските фондовете и член на парламентарната комисия по околна среда и води.
През 2011 година като депутат от парламентарната комисия по околна среда и води Чакъров е един от първите, които повдигат темата за рисковете от либерализиране на Закона за ГМО, какъвто проектозакон е внесен в парламента след одобрението му от правителството на ГЕРБ по предложение на МОСВ. Чакъров отстоява позицията си, както и позицията на ДПС, че България и българското земеделие трябва да бъдат опазени чисти от ГМО и не трябва под претекст за пълно транспониране на европейското законодателство да се либерализира режимът за ГМО. Между първо и второ четене на Закона за изменение и допълнение на Закона за ГМО Чакъров внася предложения с цел запазване на рестриктивния режим на действащия Закон за ГМО, приет през 2005 година, когато той е председател на парламентарната комисия по околна среда и води в 39-то Народно събрание. В крайна сметка правителството отстъпва пред силния обществен натиск и текстовете за либерализиране на режима за ГМО отпадат.
Чакъров е един от депутатите, които сериозно критикуват внесения от правителството на ГЕРБ в парламента Закон за управление на отпадъците, подготвен от МОСВ. Чакъров отстоява позицията, че в страната няма изградена система за разделно събиране, оползотворяване и рециклиране на отпадъци и че внесеният в парламента закон от ГЕРБ затвърждава статуквото и порочните практики да се отчита изпълнение на цели само по документи и фактури. Между първо и второ четене на законопроекта Чакъров внася конкретни предложения за изграждане на модерна система за управление на отпадъците, базирайки се на опита си като министър на околната среда и водите. Предложенията му обаче не се приемат.
Чакъров е и един от основните критици на Националната стратегия за водния сектор, подготвена от МОСВ, одобрена от правителството на ГЕРБ и приета от мнозинството в 41-то Народно събрание в края на 2012 година. Чакъров се противопоставя на текстове, предвиждащи калкулирането на инвестиционните разходи в цената на водната услуга, което ще доведе до много сериозно нейно увеличение. Той настоява да се запазят механизмите за социална поносимост на цената на водната услуга. В крайна сметка предложенията му не са приети.